本学科依托中医诊断学国家重点学科、6个国家中医药管理局重点学科、2个湖南省优势特色重点学科，建立了国家中医临床研究基地1个、国家地方联合工程实验室1个、省部共建国家重点实验室培育基地1个、国家中医药管理局重点实验室6个、湖南省重点实验室2个、湖南省高校重点实验室5个、中医学博士后流动1个、数字中医药湖南省高校2011协同创新中心1个、药食同源功能性食品工程研究中心1个。学科仪器设备先进、齐全，仪器设备价值3亿元，能承担整体实验到细胞试验，分子生物学到基因组、代谢组、蛋白质组等不同层次的科研实验。经过近60年的凝炼，目前已形成10个稳定的研究方向：湖湘中医学术传承与经方应用研究、四诊信息规范处理与病证诊断标准及其生物学基础研究、经脉-脏腑相关规律及针灸推拿治病作用机理研究、中医药防治心脑病研究、中医药防治肝脾病研究、中医药防治重大疾病创新药物研究、中医调经助孕与小儿肺系疾病诊疗研究、外科疑难病中医药防治的基础与临床研究、中医药防治五官疾病的研究、中医诊治骨伤疾病的研究。
制定了中华人民共和国国家标准《中医临床诊疗术语》，运用“频权剪叉算法”与多种计量诊断方法，创立了“证素辨证”，研制了中医智能（辅助）诊疗系统，已在31所医疗机构、教学单位推广应用，电子病历AI辅助分析系统获2018年智慧医疗创新大赛二等奖。获得省科技进步一等奖1项。
首次提出并论证中医“心血瘀证”的遗传特征；建立了7类证候的Fisher判别函数及高脂血症痰瘀辨证和心病气血证候的鉴别诊断指数表。
首次建立了中医特色的脑发育学说，全面揭示了益气活血中药促进脑缺血后神经干细胞增殖、分化与突触连接的分子机制。研究制定了“冠心病、高脂血症（血浊）、缺血性中风的中医诊疗方案与疗效评价体系”和“神经介入术后再狭窄、脑出血、脑水肿及颅内高压的中医药防治综合方案”，在全国推广。
较为完善地构建了中医药防治2型糖尿病及其并发症、肝病、心脑血管疾病和基于肝病及血管生理病理基础研究的重要技术平台；国内首次培育建立了良好的MKR转基因2型糖尿病及其并发症小鼠模型，创新性地开展了糖尿病及其并发症的“虚、毒、瘀”中医关键病机、肝病“湿、热、浊、毒”、心脑血管疾病“气虚血瘀”病机的科学内涵研究。
获得了第一个超微粉体加工发明专利，创建了第一个超微粉体质量评价体系，出版了第一部中药粉体工程学专著，打造了第一个超微粉体技术平台，获得了复方钩藤降压胶囊、降脂消斑片、智清胶囊、双黄花胶囊等8个具有自主知识产权的实用性成果。获得国家科技进步二等奖1项，省科技进步一等奖1项。
建立了慢性肝病的临床研究和随访平台，创新与发展了中医临床研究模式。制订了《慢性重型肝炎临床诊疗方案》
开展以“经”统率的“纵向”研究(“一经多脏”研究)、以“脏”统率的横向研究(“一脏多经”研究)，为临床针灸有效治疗内脏疾病提供了科学证据。
首次提出了眼科水血同治，并证实以活血利水法为主、辅以益气是提高闭角型青光眼手术后患者视功能、预防术后眼压回升的有效疗法，研制了青光安颗粒。研究发现活血利水治法能促进眼底出血吸收，研制了散血明目片。研制的复明片可有效提高视网膜脱离术后患者的视功能。首次提出了鼻咽癌气虚染毒的中医病机和益气解毒治疗法则，并研制了有效方药益气解毒颗粒；提出了变态反应性鼻炎的温补肺脾肾治法，并研制了有效药物鼻敏片。获得省部科技进步一等奖3项。
近年来，主持国家自然科学基金项目44项、主持“973”项目、国家十五攻关计划、国家科技支撑计划、科技部重点研发计划子课题26项，国家重大新药创制项目1项，主持省部级科研项目101项，横向科研项目24项。获得获国家科技进步二等奖1项，省部级科技成果一等奖3项，省部科技奖成果二等奖22项、三等奖27项，获中华中医药学会科技进步一等奖1项、二等奖5项，中国中西医结合学会科技成果一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项，国家中医药管理局中医药基础研究三等奖2项，湖南省中医药科技进步一等奖10项、二等奖15项，优秀学术著作优秀奖3项，获国家发明专利4项，国家实用新型专利16项，研制中药新药2个，获得省级教学成果一等奖5项、二等奖4项、三等奖2项。发表论文1292余篇，其中SCI源刊37篇，主编著作32部，参编著作95部。
